行政院6月6日針對立法院會決議通過「立法院職權行使法」、「中華民國刑法」等修正案提出覆議理由書，總統府發言人郭雅慧今（11）日表示，賴清德總統已核可覆議案，並於上午11時將公文送至行政院，同時以總統府秘書長函通知立法院。

郭雅慧表示，賴清德總統作為民主憲政的守護者，在審慎評估行政院所提的覆議理由書後，依照《憲法》賦予行政院的權利，核可行政院對法律案的覆議權，期盼立法院朝野各黨能再次審慎檢視法案內容，找出合法合憲，以國家利益為優先的最大共識。

立法院5月28日三讀通過修正「立法院職權行使法」部分條文、增訂「中華民國刑法」第5章之1章名及第141條之1條文覆議案，相關函文送至行政院後，行政院長卓榮泰6月6日表示，行政院作為國家最高行政機關，必須依法行政，也有責任捍衛憲政秩序、守護人民的基本權利。考量兩案的全部條文有窒礙難行之處，將依憲法增修條文第3條第2項第2款規定，呈請總統核可後，再移請立法院覆議。